填發免扣繳憑單的核心流程分為
給付時判定與扣繳、年度申報及憑單填發（或免填發）等三個階段。
以下為各項所得（講演費、租金、勞務費）的處理流程說明：
一、 給付時的判定與扣繳
在支付所得給中華民國境內居住之個人時，需先判斷是否達到扣繳標準。若應扣繳稅額不超過新臺幣 2,000 元，則免予扣繳，但仍須併入年度申報。
- 講演費 (9B)：
- 性質：專題演講且非訓練課程的一部分。
- 標準：每次扣繳稅額逾 2,000 元（給付金額逾 20,000 元）按 10% 扣繳；未達 2,000 元則免扣繳。
- 租金 (51)：
- 標準：每次扣繳稅額逾 2,000 元（給付金額逾 20,000 元）按 10% 扣繳；未達 2,000 元則免扣繳。
- 勞務費 (50 薪資/9A 執行業務)：
- 薪資所得 (50)：如授課鐘點費。未填免稅額申報表者，給付金額逾 88,501 元（114年度起）按 5% 扣繳；未達標準則免扣繳。
- 執行業務 (9A)：每次扣繳稅額逾 2,000 元（給付金額逾 20,000 元）按 10% 扣繳；未達 2,000 元則免扣繳。
二、 年度申報流程
即便給付時因未達標準而免扣繳，扣繳義務人仍須於次年 1 月底前向國稅局申報。
- 資料整理：彙整全年度支付給各所得人的給付總額。
- 系統操作：下載安裝 財政部電子申報繳稅服務網 的「各類所得憑單資料電子申報系統」。
- 身分驗證：使用工商憑證、組織憑證或申請報稅密碼進行登入。
- 檔案上傳：將所得資料匯入系統，經檢核無誤後點選「傳輸申報」。
- 列印收執聯：確認系統回傳「完成申報」訊息，並列印申報書與回執聯留存備查。
三、 憑單填發（免填發作業）
為推動無紙化，目前多數情況適用免填發憑單給所得人。
- 適用免填發條件：
- 所得人為中華民國境內居住之個人。
- 扣繳單位已於 1 月底前按時完成申報。
- 所得人查詢管道：
- 所得人可於 5 月報稅季利用自然人憑證或健保卡至 財政部稅務入口網 線上查詢所得資料，不需實體憑單。
- 例外情況：若所得人要求提供憑單，或為「非居住者」（外籍人士）、法人機構時，扣繳單位仍應填發紙本或電子憑單。